豆秆黑潜蝇，又称豆秆蝇或豆秆穿心虫，广泛分布于黄淮和南方大豆产区，对大豆、绿豆、红小豆、菜豆、豇豆等多种豆科作物造成危害。在山东地区，春大豆受害率高达70%～80%，夏大豆受害率则达到100%。受害大豆通常减产30%左右，严重时减产超过50%，甚至可能导致绝收。
豆秆黑潜蝇从苗期开始为害，幼虫在大豆的主茎、侧枝和叶柄内蛀食，形成弯曲的隧道。受害植株叶片发黄、矮小、分枝减少，似缺肥缺水状，严重时造成大量枯心苗，形成缺苗。成株期受害则导致豆莢显著减少，秕荚、秕粒增多，最终造成减产。
具体而言，大豆苗期受害表现为根茎部肿大，叶柄表面褐色，全株呈现铁锈色，显著矮化，重者茎中空、叶脱落，甚至死亡。后期受害则导致花、荚、叶过早脱落，千粒重降低。成虫也可通过吸食植株汁液，在植株表面形成白色小点，进一步影响植株健康。