茄子黄萎病的防治以选用抗病品种为基础，采取栽培防治和药剂防治相结合的综合防治技术。
移栽时可以穴施微生物菌剂；缓苗后发病前用金微多用途300倍液稀释进行单株灌根，结合灌根还应进行叶面喷雾，于发病前用噻唑锌400倍液加6000倍液天然芸薹素喷施叶片，8-10天喷一次，连喷2-3次。对目前已发生黄萎病的茄子，根部已开始腐烂的应及时拨出病株，对刚刚开始表现萎焉症状的茄子，可在根部灌300倍液的“金微多用途”或噻唑锌400倍液；也可用50%琥胶肥酸铜300倍液或60%琥乙磷铝500倍液灌根。
