选用抗病品种如农田2K、农田5k、农田十六等。种子消毒，雨后及时排水，防止瓜田积水。发病初期喷洒50%甲霜铜可湿性粉剂700～800倍液，或35%瑞毒唑铜可湿性粉剂800倍液，或70%乙磷·锰锌可湿性粉剂500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液;或58%瑞毒霉锰锌可湿粉剂500倍液。每隔7～10天喷1次，连续2～3次。上述药交替使用效果更好。西瓜疫病雨后或浇水后易发生，雨前一天或浇水前一天用防治疫病的药剂喷雾预防。
