油菜菌核病病菌以菌核在土壤、病残体和种子中越夏（冬油菜区）、越冬（冬、春油菜区）。病残体、种子中的菌核随着施肥、播种等农事操作进入土壤中。春季，在旬平均气温超过5℃、土壤湿润的条件下，土壤中的菌核陆续萌发。油菜抽薹开花期间、旬平均气温8-14℃时，大量形成子囊盘。子囊孢子随气流传播最远可至数公里。通常情况下，子囊孢子萌发侵染花瓣，带菌花瓣脱落至叶片上引起叶片发病，叶片病斑扩大蔓延至茎，或病花瓣黏附茎秆，而诱发茎部发病。
