芹菜软腐病的病原菌是胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐致病变种，属于细菌。该病菌可在土壤中、病残体上越冬，第二年适宜时期进行感染。传播途径多样，包括灌溉水、雨水、粪肥等，通常通过农事操作、地下害虫、低温冻害等造成的伤口入侵。芹菜中后期，植株高大，田间荫蔽通风差，棚内潮湿，容易引发病害。病菌在4-36℃之间均可存活，最适温度为25-30℃，只要环境潮湿、植株生长势弱、田间有致病菌存在，就能引起发病腐烂，对各个生长阶段均有危害。病原细菌随病残体在土壤中或留种株和保护地的植株上越冬，借雨水或灌溉水、昆虫、夹杂着病残体的肥料等传播，从芹菜伤口侵入。该病在生长后期湿度大的条件下发病重。致病细菌主要随病株残余组织遗留在田间或堆肥中越冬，在环境条件适宜时，病菌借雨水、灌溉水及传病昆虫如黄条跳甲、小菜蛾、菜青虫等传播，从植株根部自然裂口、机械伤口、虫伤口侵入，并进入导管潜伏繁殖，引起初、再次侵染。病菌主要在土壤中越冬，通过昆虫、雨水或灌溉水等从伤口侵入，发病后可通过雨水或灌溉水传播蔓延。