小麦赤霉病病菌可在田间残留的稻茬、玉米秸秆、小麦秆等植物残体上越夏或越冬。春季病菌在一定温湿度条件下产生子囊壳，成熟后的子囊壳破裂喷射产生子囊孢子，经空气随风雨传播到麦穗，引起发病。小麦收获后，病菌又寄生在稻茬、麦秆上越夏和越冬。在病残体上形成子囊壳，条件适宜时子囊壳释放子囊孢子，借气流、风雨传播，溅落在花器凋萎的花药上萌发。先营腐生生活，然后侵染小穗，几天后产生大量粉红色霉层，经风雨传播引起再侵染。
