南瓜蔓枯病防治可用蔓枯速克或苯醚甲环唑即可控制。1.清洁田间，深翻土地，与非瓜类作物实行2-3年的轮作。2.选用抗病品种，并对种子进行浸种和种衣剂拌种处理，能有效灭杀有害南瓜蔓枯病病菌，隔离病毒感染，加强呼吸强度，提高种子发芽率。3.采用高畦栽培，另外雨季要及时排除积水。4.分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施壮瓜蒂灵，使瓜蒂增粗，强化营养定向输送量，促瓜体健康生长，增强其抗南瓜蔓枯病能力。5.药物防治。预防南瓜蔓枯病应用25%阿米西达悬浮剂。生长期的防治重点抓住始发病期用药，用内吸治疗性杀菌剂，隔7-10天喷一次，连续2-3次。可用：75%百菌清可湿性粉剂600倍液、或50%混杀硫悬浮剂500～600倍液、或47%加瑞农可湿性粉剂700倍液、或36%甲基托布津悬浮剂400～500倍液。