农业防治、物理防治、种子和土壤消毒、生态防治。
苦瓜菌核病的防治措施采取以生态防治为主，药剂防治为辅。
苦瓜菌核病主要危害果实和茎蔓，从而影响效益，因此在种植前将种子和土壤进行消毒，并保持通风，及时排湿，发病后使用速克灵烟剂或百菌清烟剂、百菌清粉尘剂、甲基立枯磷乳油等农药进行喷雾或烟雾防治。
