小麦的黑穗病主要包括散黑穗病和腥黑穗病，这两种病害通过不同的途径传播。散黑穗病主要由种子传播，而腥黑穗病则通过土壤、种子和雨水传播。小麦脱粒时，病粒破裂，病菌孢子飞散并粘附在种子表面，这是主要的传播途径。在某些地区，混有病菌的麦糠、麦秸、淘麦水等用于沤粪或喂牲口，使得粪肥中带有病菌，施入麦地后也能传播病害。在寒冷干燥的地区，落在土中的病菌孢子存活时间较长，也能成为传播源。
小麦播种后，粘附在种子表面或粪肥、土壤中的病菌孢子发芽并侵入小麦幼芽，病菌在麦株内生长，最终到达花部，破坏花部正常发育，形成病粒。病菌只能侵害未出土的幼芽，因此播种深度和出苗速度影响发病程度，播种愈深、出苗愈慢，发病愈重。土壤温度在5—12℃、土壤湿度中等时，病菌容易侵染，因此冬麦迟播和春麦早播会加重病害。
小麦腥黑穗病的传播途径还包括风雨和病虫害。麦收后，病菌附着在种子外表或混入粪肥、土壤中越夏，以厚垣孢子的形式在种子外表或混入粪肥、土壤中越冬或越夏。当种子发芽时，厚垣孢子也随即萌发，继续其生命周期。