防治黄瓜根腐病的方法包括：
1.合理轮作：露地可与白菜、葱、蒜等实行2年以上轮作，保护地避免连茬，降低土壤含菌量。
2.加强栽培管理：采用高畦栽培，认真平整土地，防止大水漫灌及雨后田间积水，苗期发病要及时松土，增强土壤透气性。高温高湿有利于发病，浇水后注意排湿；及时拔除病株，并在根穴里撒消石灰。
3.药剂防治：在分清病症的基础上，对于茎基腐病，可喷洒50%乙膦·锰锌可湿性粉剂500倍液或72%霜脲·锰锌可湿性粉剂600倍液进行防治。疫霉根腐病早期发病可选用58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂600倍液，连续灌根2-3次。发病初期喷洒或浇灌或配成药土撒在茎基部。
4.增施生物菌肥：定植前进行土壤消毒，生长过程中若发现染病，第一时间拔除中心病株，用甲基硫菌灵预防。