芹菜软腐病在生长期和贮运期均有可能发病，从而带来损失。因此在种植中，应实行轮作，并合理密植，加强管理。在发病初期，将病株拔除，使用农用硫酸链霉素可湿性粉剂或新植霉素、络氨铜水剂进行喷施治疗。不光要选择细菌性杀菌剂，还要从源头治疗，那就是要补钙，建议使用硝酸钙每亩地冲施10千克，翻地时一次性用50千克/亩，每隔一周预防一遍细菌性病害。
芹菜软腐病可危害芹菜的叶柄基部，根部。植株受害后最容易辨别的就是，受害部位腐烂，发生恶臭，芹菜最初受到病害感染，一般先从柔嫩多汁的叶柄基部开始发病，在茎基部出现轻微的淡褐色纺锤形或无规则状凹陷病斑，病斑上有淡淡的水浸泡的颜色，并且失去正常的光泽，随着病情的加重，病斑颜色加深。随着棚室内湿度加大，或遇到连续阴雨天，湿度加大，病斑迅速扩大，维束管发黑，然后呈湿腐状，出现腐烂发臭，腐烂的部位产生淡黄色黏稠物，仅残留表皮，最终导致整棵植株死亡。软腐病病菌，还可危害白菜，大蒜等作物。
药物防治，芹菜软腐病属于细菌病害，在防治上可选用中生菌素1000倍液，春雷霉素1000倍液，可杀得1500倍液，14%络氨铜水剂350倍液进行整株喷洒。