用药物防治，选用中生菌素1000倍液，春雷霉素1000倍液，可杀得1500倍液，14%络氨铜水剂350倍液进行整株喷洒，喷洒的重点主要在近基部的茎叶以及植株周围地面，一般每5~7天喷洒一次，连续喷洒2~3次。
防治芹菜较腐病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒、培育无病壮苗，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、控制田间湿度、防止田间积水，第四要在初发病时用抗生素和铜制剂田间交替喷雾防治。
实行轮作，要深耕土层，以增加土壤的透气性，将发病植株移除田间销毁，应增施生物有机肥与磷钾肥，尽量减少和防止单一使用氮肥，发病初期可使用多菌灵、恶霉灵或甲霜灵灌根，也可使用72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂喷洒防治。
应实行轮作，并合理密植，加强管理。在发病初期，将病株拔除，使用农用硫酸链霉素可湿性粉剂或新植霉素、络氨铜水剂进行喷施治疗。
建议细菌性农药如中生菌素或者链霉素或者噻唑锌或者春雷霉素或者噻霉酮或者铜制剂等等交替使用。茎基部重点喷淋或者灌根。预防为主，综合防治。交替使用农药成分，不要连续使用一样的农药成分。这是植保原则。
发现病株及时清除，并撒入石灰等消毒，并配合喷施新高脂膜800倍液防止病菌扩散；同时根据植保要求喷施针对性药剂72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂等喷雾防治，并喷施新高脂膜800倍液增强药效，提高药剂有效成分利用率。
芹菜软腐病在生长期和贮运期均有可能发病，从而带来损失。因此在种植中，应实行轮作，并合理密植，加强管理。在发病初期，将病株拔除，使用农用硫酸链霉素可湿性粉剂或新植霉素、络氨铜水剂进行喷施治疗。
不光要选择细菌性杀菌剂，还要从源头治疗，那就是要补钙，建议使用硝酸钙每亩地冲施10千克，翻地时一次性用50千克/亩，每隔一周预防一遍细菌性病害。
芹菜软腐病可危害芹菜的叶柄基部，根部。植株受害后最容易辨别的就是，受害部位腐烂，发生恶臭，芹菜最初受到病害感染，一般先从柔嫩多汁的叶柄基部开始发病，在茎基部出现轻微的淡褐色纺锤形或无规则状凹陷病斑，病斑上有淡淡的水浸泡的颜色，并且失去正常的光泽，随着病情的加重，病斑颜色加深。随着棚室内湿度加大，或遇到连续阴雨天，湿度加大，病斑迅速扩大，维束管发黑，然后呈湿腐状，出现腐烂发臭，腐烂的部位产生淡黄色黏稠物，仅残留表皮，最终导致整棵植株死亡。软腐病病菌，还可危害白菜，大蒜等作物。
药物防治，芹菜软腐病属于细菌病害，在防治上可选用中生菌素1000倍液，春雷霉素1000倍液，可杀得1500倍液，14%络氨铜水剂350倍液进行整株喷洒。