芹菜黑腐病由半知菌亚门的芹菜茎点霉引起。病菌以菌丝体或分生孢子在病残体或种子上越冬。翌年播种带病种子，幼苗即猝倒枯死，病部产生分生孢子借风雨或灌溉水传播，孢子萌发后产生芽管从寄主表皮侵入进行再侵染，移栽病苗易引起该病流行。病菌生长发育和分生孢子萌发温限5～30℃，16～18℃最适。分生孢子器球形或半球形，黑色，初埋生后外露，多在不明显的斑点中形成；分生孢子器上具孔口，产孢细胞多单细胞，产孢方式为瓶梗式别于叶点霉菌。分生孢子单胞无色，长椭圆形，大小3.0～3.8×1.0～1.6微米。黑腐病的发生与土壤缺钙、土壤酸性、氮肥或钾肥施用过多、土壤干旱以及气候因素等有关，这些条件会影响芹菜对钙元素的吸收，从而导致黑心病的发生。