冬瓜疫病是由真菌引起的病害，病菌在土壤或粪肥中越冬，通过灌水、气流、风雨等传播。潮湿、雨季或积水环境有利于病害发生。发病条件为田间温度25～30℃，相对湿度高于85%。雨季或大雨后天气转晴，气温急剧上升时易流行。土壤湿度95％以上持续4～6小时，病菌即可完成侵染，2～3天完成一代。易积水、定植过密、通风透光不良的菜地发病重。湿度是决定因素，降雨多、地势低洼、排水不良、重茬、氮肥偏多、管理粗放均有利于病害发生。
冬瓜疫病在全国各地均有发生，南方夏季雨水多，常造成大面积死秧，减产20%一60%，甚至绝收。主要为害茎和果实，也可为害叶片。叶片发病初呈圆形或不规则形暗绿色水浸状病斑，湿度大时扩展迅速，病叶腐烂。茎基部先发病，呈水渍状暗绿色，病部软化萎缩，上部叶片萎蔫下垂，全株枯死。果实发病从花蒂部开始，出现水渍状暗绿色近圆形凹陷病斑，后皱缩软腐，表面生白色稀疏霉状物。
高温高湿是冬瓜疫病发生的必要条件，6-9月间危害最严重。地下水位高、连雨闷热、黏重土壤、低洼易涝、无架栽培等易发病且病症严重。