胡萝卜根腐病防治方法包括：选择地势较高燥、排水良好的地块种植；深耕细耙，施足腐熟粪肥，采用高畦或高垄栽培；春播胡萝卜应适时早播；种植密度不宜过密，及时进行间苗、定苗和除草；重病地应与粮食作物进行3年以上轮作，或水、旱轮作；初见零星病株时及时拔除；药剂防治可选用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、50%托布津可湿性粉剂500倍液、5%井冈霉素水剂1500倍液、20%甲基立枯磷乳油1500倍液或15%恶霉灵水剂500倍液进行喷布或浇灌；及时进行药剂拌种处理种子以预防病害，提高产量。
