辣椒变形果形成的原因是多种因素综合作用的结果。首先，受精不完全是主要原因之一。辣椒花粉发芽的适宜温度为20至30摄氏度，超出此范围会降低花粉发芽率，导致不正形果的产生。当温度低于13摄氏度时，花粉几乎无法正常受精，从而产生僵果；而在短花柱花的情况下，即雌蕊比雄蕊短，授粉变得困难，容易导致落花或单性结实的变形果。
其次，肥水不足和光照不良也是影响果实正常发育的重要因素。这些条件会限制植物合成的养分，使得果实获得的同化养分减少或不均匀，进而产生变形果。
此外，辣椒果实的发育过程也是影响其形状的关键。果实首先沿纵轴伸长，然后才开始横向伸长，这一发育过程中的任何异常也可能导致变形果的产生。