小麦穗夜蛾主要危害小麦的穗部。初孵幼虫先取食穗部的花器和子房,个别也取食颖壳内壁的幼嫩表皮。随着幼虫的生长,高龄阶段开始取食小麦籽粒。特别是4龄后,幼虫会将小麦旗叶吐丝缀连卷成筒状,潜伏其中,日落后出来为害麦粒,仅残留种胚,致使小麦不能正常生长和结实。