黄瓜苗期叶片娇嫩，抗病虫害能力很弱，如果管理上不注意，定植后通风较差，棚内湿度大，就极易发生多种病虫害。黄瓜种植应注意及时预防虫害与加强田间管理工作。
黄瓜苗猝倒病是由真菌侵染引起的病害。病菌腐生性很强，可以在土壤中长期存活，以卵孢子和菌丝体在土壤中的病残体上越冬。田间再侵染主要靠病苗的病部产出孢子囊及游动孢子，借灌溉水、粪肥和农具等传播。由于苗床温度较低、湿度过大或床土带菌而发病。地温10℃～16℃时，最适宜病菌生长。育苗期出现连阴天、低温高湿以及光照不足条件时，极有利于发病。
黄瓜猝倒病是黄瓜苗期主要病害，保护地育苗期最为常见，特别是在气温低、土壤湿度大时发病严重，可造成烂种、烂芽及幼苗猝倒。同时，在低温、高湿，土壤中含有机质多，施用未腐熟的粪肥等均有利于发病。苗床通风不良，光照不足，湿度偏大，不利于幼苗根系的生长和发育，易诱导猝倒病发生。在气温低、土壤湿度大时发病严重，可造成烂种、烂芽及幼苗猝倒。黄瓜播种过密，幼苗期湿度过大，光照不足引起猝倒病。育苗期出现低温、高湿条件，利于发病。此外，在土中营腐生生活的菌丝也可产生孢子囊，以游动孢子侵染瓜苗引起猝倒。当幼苗子叶养分基本用完，新根尚未扎实之前是感病期。该病主要在幼苗长出1-2片真叶期发生，3片真叶后，发病较少。