辣椒的病害主要有猝倒病、疫病、炭疽病、病毒病、灰霉病、疮痂病、青枯病等；生理性病害包括日烧病、脐腐病及生理性三落病等。主要虫害有烟青虫、白粉虱、茶黄螨、茄无网蚜等。此外，辣椒还可能受到茎基腐病、晚疫病、枯萎病、日灼病、脐腐病、青虫、蓟马、粉虱等病虫害的侵害。防治这些病虫害可以使用甲托、烯酰霜脲氰、溴菌腈、螯合钙、福戈、甲维盐、螺虫乙脂等药剂。辣椒的病害如青枯病、辣椒疫病、白粉病等会导致茎干枯萎、腐烂或叶子枯黄脱落。虫害如烟青虫、白粉虱和茶黄螨等会吸取植株的汁液。
