芝麻枯萎病在苗期和成株期均可发生。苗期染病会导致猝倒或枯死。成株期发病较多，表现为根系和茎秆半边枯死或仅侧枝枯死，病部出现红褐色干枯条斑，发病一侧叶片变黄、萎蔫后枯死，是典型的维管束病害。湿度大时，病部会出现粉红色霉层，即病原菌的分生孢子梗和分生孢子。苗期发病时，全株猝倒；后期发病时，叶片由下向上逐渐枯萎。受害根部半边根系变为褐色，并顺延茎部向上发展，使相应的半边茎部呈红褐色干枯的条斑。潮湿时病斑上出现一层粉红色的粉末，病株茎的导管或木质部呈褐色。病株下部叶片先萎垂，并逐渐向上部叶片发展，受病的植株的半侧叶片呈半边黄的现象，以后逐渐枯死而脱落。植株发病后，由于病菌在导管中繁殖而妨碍了水分、养分的正常运转，导致植株枯萎而死。同时，病菌侵入植株后，产生镰刀菌酸毒素，并被上行液流带动，散布到植株叶片内，杀死维管束周围的细胞，并破坏叶绿素，因而引起叶片变黄。病株易早熟，蒴易裂，籽粒多瘦瘪，收获前易炸蒴。