韭菜菌核病的病原以菌丝体和菌核随病残体遗落土中越冬,落入土中的菌核能存活1~3年,是此病主要初侵染源。菌核抗逆力很强,温度18~22℃,有光照及足够湿的条件下,菌核即萌发产生子囊盘,由子囊盘中放射出子囊孢子,借气流传播蔓延,或与健株接触后侵染发病。