胡萝卜黑腐病防治重在预防，结合园艺措施、生态调控等措施，达到防治指标时，科学施用高效低毒低风险农药控制。发病初期开始喷洒75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或78%波·锰锌（科博）可湿性粉剂500倍液、80%代森锰锌可湿性粉剂600倍液。防治胡萝卜黑腐病，可在病害发生前期或初期每亩使用保护性杀菌剂40%百菌清悬浮剂200毫升，7~10天喷雾1次，连续使用3~4次，可达到低投入高产出的防治效果。二甲酰亚胺类杀菌剂异菌脲对胡萝卜黑腐病具有较好的防治效果，可在胡萝卜黑腐病发生前期或初期每亩使用500克/升异菌脲悬浮剂75毫升，7~10天喷雾1次，连续使用3~4次。