中国芝麻病害种类繁多，其中茎点枯病、枯萎病、青枯病、立枯病、疫病、病毒病、叶斑病等危害较重且普遍。主要害虫包括小地老虎、蚜虫、甜菜夜蛾、芝麻天蛾、盲蝽等。在长期栽培和人工培育过程中，芝麻的抗性发生分化，表现出多种抗性水平的差异。茎点枯病和枯萎病的抗性划分为免疫。芝麻红色根腐病症状主要危害茎基部，茎基现褐色斑，初期病健组织分界不明显，后根部外皮变褐腐烂，剥去根表皮时内部呈红色，严重的全株叶片逐渐萎蔫，病株枯死。湖北、河南芝麻栽培区时有发生。芝麻的病虫害虽然种类很多，但各种病虫害发生频率和危害程度不一样。就病害而言，在十几种芝麻病害中，发生最多、为害最重的主要是芝麻茎点枯病、枯萎病和病毒病以及叶斑病。