大葱锈病病原以冬孢子和夏孢子形态附在病株上越冬，形成初侵染源。孢子借助气流传播，侵入大葱发病，形成夏孢子。夏孢子形成再侵染源，向周围植株蔓延。随着病害进展，与病斑相邻处出现新的长椭圆形至纺锤形斑点。斑点隆起后纵向破裂，散出紫褐色粉末（冬孢子）。重症植株的叶片和花梗，呈麦秆色干枯。
