辣椒苗一般深栽比较好（大苗宜深栽，小苗宜浅栽），因为辣椒的根系入土较浅，特别是温室内进行垄作、覆盖地膜的植株，其根系大多集中在浅土层，结果时容易倒伏。适当深栽还可以促进下胚轴产生不定根，增加植株的生根量，这有利于提高植株吸收水分、营养的能力。若为普通辣椒苗，移栽覆土时应高于原土印（不埋没叶片），若为嫁接苗，则要适当浅栽，嫁接部位的高度应至少超过地面3厘米。
