主要以菌丝附在病残体或种子上越冬。翌年播种带病的种子，长出幼苗即猝倒枯死，病部产生分生孢子借风雨或灌溉水传播，孢子萌发后产生芽管从寄主表皮侵入进行再侵染，生产上移栽病苗易引起该病流行。
首先田间有病原菌，其次田间环境适宜病原菌的生存。因此像那些粗放管理的田块，黑腐病发生几率特别高。
芹菜黑腐病多在近地面根茎部和叶柄基部处发病，有时也侵染根。受害部先变灰褐色，扩展后变黑腐烂，病部生出许多小黑点，严重的外叶腐烂脱落。
