病菌以菌丝体和厚坦孢子随病株残余组织遗留于土中越冬，也可以在土中进行腐生生活达多年。病果种子也能被感染，菌丝即潜伏在种子上过冬。番茄苗移植时，如根部或茎部受伤，土壤中病菌即从伤口侵入，后在植株的维管束内蔓延，并产生五种有毒物质，称为番茄凋萎素。这种有毒物质随输导组织逐渐扩散，因而引起叶片发黄。播种带病种子，也可引起幼苗发病。
