冬瓜生长周期较长，果实较大，施肥应以有机肥料为主，化学肥料为辅。有机肥料能提供充足的养分，满足冬瓜各阶段的生长需求。一般每亩冬瓜可施用厩肥2500-3000公斤和堆肥2500-4000公斤作基肥，也可施用腐熟人粪层500-750公斤，腐熟猪牛粪750-1000公斤，过磷酸钙或钙镁磷肥50-75公斤，土杂肥50-100担。有条件的话，可以在基肥中混合40-75公斤饼肥。
冬瓜要想长得繁茂，需要给叶面施肥。在幼苗成活后，开花期和盛花期都可以喷施高钾肥液，促进植株结果。同时，还需补充钙元素和硼元素等微量元素，以提升产量和保证品质。