辣椒疫病在苗期和成株期均可发生，主要侵害茎、叶和果实。苗期发病时，茎基部呈现暗绿色水浸状软腐或猝倒，称为苗期猝倒病。果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐，湿度大时会长出白色霉层，干燥后形成暗褐色僵果留在枝上。茎部染病，分杈处变为黑褐色或黑色，病斑初为水浸状，后出现环绕表皮扩展的褐色或黑色条斑，病部明显缢缩，造成地上部折倒。主要为害成株，植株急速凋萎。
