病害主要有褐斑病、霜霉病、细菌性角斑病、叶枯病、炭疽病、猝倒病、立枯病、疫病、灰霉病、靶斑病、白粉病等。由于雨后长期积水或长期进行大水漫溉，使土壤含水量过高，土壤中缺氧，造成根部窒息所致。另外，嫁接黄瓜嫁接质量差，或砧木和接穗亲和性不高或不亲和时，也会发生生理性萎蔫。
