病原以卵在病株根内，随同病株残根在土壤中越冬或以2龄幼虫在土壤中越冬。翌年，在环境适宜时，越冬卵孵化为幼虫，而2龄幼虫继续发育。在田间主要依靠带虫土及病残体传入、农具携带传播，也可通过流水传播土中线虫，幼虫一般从嫩根部位侵入。侵入前，能作短距离移动，速度很慢，故此病不会在短期内大面积发生和流行。
在中国上海及长江中下游地区，黄瓜根结线虫病的主要发病盛期在8-10月。年度间梅雨期短、夏秋季高温、少雨的年份发病重；田块间连作地、地势高燥、土壤含水量低、土质疏松、盐分低的田块适宜根结线虫病发生。根结线虫多在土壤5～750px处生存，常以卵或2龄幼虫随病残体遗留在土壤中越冬，病土、病苗及灌溉水是主要传播途径。一般可存活1～3年，翌春条件适宜时，由埋藏在寄主根内的雌虫，产出单细胞的卵，卵产下经几小时形成一龄幼虫，脱皮后孵出二龄幼虫，离开卵块的二龄幼虫在土壤中移动寻找根尖，由根冠上方侵入定居在生长锥内，其分泌物刺激导管细胞膨胀，使根形成巨型细胞或虫瘿，或称根结，在生长季节根结线虫的几个世代以对数增殖，发育到4龄时交尾产卵，卵在根结里孵化发育，2龄后离开卵块，进入土中进行再侵染或越冬。