防治冬瓜根腐病的方法包括在移苗后使用根小子蘸根，或在苗期冲施根小子菌肥，以保护幼苗根部并阻止病菌入侵。选择耐寒和耐雨水的节瓜品种，如菠萝种、冠星2号，并采用高畦栽培。此外，加强田间水肥管理、通风、透气、利水，以及使用多菌灵进行喷施也是有效的防治措施。
