小麦全蚀病一般发生在土质疏松、肥力低、碱性土壤中，潮湿的土壤条件有利于病害的发生和扩展，水浇地比旱地更易发病。该病的病菌以菌丝体形式在田间小麦残茬、夏玉米等夏季寄主的根部以及混杂在场土、麦糠、种子间的病残组织上越夏。小麦播种后，病菌即可侵入，随后以菌丝体在小麦的根部及土壤中病残组织内越冬。种子夹带病残组织是病害远距离传播和新区发病的主要来源，而土壤和粪肥则是短距离传播的重要因素。
