传染性胃肠炎和流行性腹泻的病变主要在胃和肠道,以小肠病变为主，表现为肠壁变薄而透明。肠内容物稀薄如水，呈黄色。偶尔可见胃底出血。猪流行腹泻刨检可见肠壁变薄，肠内有黄色粘稠液体，小肠粘膜绒毛萎缩变短，上皮细胞坏死脱落。全身淋巴结肿大出血，肾小管上皮细胞变性坏死。猪传染性胃肠炎胃内充满凝乳快，胃底部粘膜充血，有的有出血点。小肠壁变薄，肠内充满黄绿色或灰白色内容物，含有气泡和凝乳快。小肠肠系膜淋巴结缺少乳糜。猪的肠胃炎是胃肠粘膜发生了炎症性的变化，如出血，水肿，体温升高。而猪的腹泻是消化不良引起的拉稀，应激反应引起的拉稀等。猪传染性胃肠炎对新生仔猪有较高的致死率。潜伏期较短，15-18h，有的延长到2-3天，传播快，2-3天可波及全群。