该区是卫生防疫和环境保护的重点，包括兽医室、隔离牛舍、尸体剖检和处理设施、贮粪场与污水贮存及处理设施等。设在生产区内下风地势较低处，与生产区应有3〇〇m距离。要注意防止病牛、污水、粪尿等废弃物污染环境。
隔离区设在厂区下风及地势较低处，包括兽医室、隔离牛舍、储粪场、装卸牛台和污水池。兽医室、隔离牛舍应设在距最近牛舍50～100米以外的地方，应设后门。
