牛支原体肺炎的病理变化主要表现为肺实质存在不同阶段的肝变和实变，切面呈现红白相间的大理石状花纹，部分区域显示灰白色。肺间质水肿增宽，肺内出现坏死灶和脓包。剖检时，主要观察到肺部与胸腔的大体病理变化，包括肺和胸膜轻度粘连，伴有少量积液，以及心包积水和黄色澄清的液体。肺部病变的严重程度因病程不同而有所差异。
