诊断时，首先根据全身症状、食欲紊乱、鼻镜和舌苔变化、粪便变化及粪便中含有的病理性产物等，不难做出初步确诊。然后进行流行病学调查，对血、尿、粪等化验，即可对单纯原发性胃肠炎及传染病、寄生虫病的继发性胃肠炎进行鉴别诊断。若口臭严重，食欲废绝，主要病变可能在胃；若黄染及腹痛明显，初期便秘而腹泻出现较晚，主要病变可能在小肠；若脱水迅速，腹泻出现早，主要病变多在大肠。细菌感染性肠炎的诊断需要病原诊断和血清学诊断，包括病料涂片、革兰氏染色、镜检、病料培养、细菌分离、鉴定，以及消化道四联夹心ELISA试剂盒检查。