牛球虫病的潜伏期可持续2~3周，甚至可到1个月。发病分为急性型、慢性型。急性型的病例一般在10~15d左右，个别牛会在1~2d内死亡。急性型发病的初期牛会沉郁，毛比较松乱，体温会略高。这种状态持续1周后牛会呈现出更加沉闷、消瘦的状态，而且体温会升到40~41℃左右。胃肠的蠕动可能会停止，还会排出带血的稀粪，并伴有恶臭。慢性型发病3~5d后会有所好转，但是仍会有下痢的现象发生，并持续伴有贫血症状，这个过程持续数月后牛会因为贫血消瘦而亡。
根据流行情况、临床症状和剖检时病变可做出初步诊断。检查粪便和直肠刮取物时，发现大量球虫卵囊即可确诊本病。从粪便颜色判断：球虫病引起的肠道出血，其粪便呈黑色和带血样。
该病是由孢子虫纲，球虫亚纲中的寄生性原虫引起的类原虫病。能引起羊严重腹泻、消瘦、贫血、发育不良、死亡等。球虫病是由于球虫寄生于羊的肠道而引起的一种腹泻疾病，是羊的主要消化道疾病之一，在临床上以病羊拉稀、逐渐消瘦为主要特征。从流行病学、临床症状和病理变化进行综合分析，并以饱和盐水漂浮法进行粪便检查，或直肠刮取物涂片镜检发现卵囊即可做出正确诊断。
