猪衣原体感染多为隐性感染，但呼吸道和全身感染可能导致食欲不振，体温高达39~41℃，可能出现呼吸困难、肺炎或关节炎，持续4~8天。怀孕母猪感染后引起早产、死胎、流产、胎衣不下、不孕症及产下弱仔或木乃伊胎。初产母猪发病率高，可达40%~90%，早产多发生在临产前几周或妊娠中期。母猪流产前一般无任何表现，体温正常，也有的体温升高（39.5~41.5℃）。产出仔猪部分或全部死亡，活仔多体弱、初生重小、拱奶无力，多数在出生后数小时至1~2日死亡，死亡率有时高达70%。公猪生殖系统感染，可出现睾丸炎、附睾炎、尿道炎等生殖道疾病，有时伴有慢性肺炎。
病猪发病突然，体温一般升高至40.5℃~41.0℃，最高达42℃，呈稽留热，食欲下降，甚至废绝；部分病猪咳嗽，呼吸困难，呈腹式呼吸；鼻腔流鼻涕，病程稍长的流脓性分泌物；眼结膜潮红，流泪，严重者眼睑水肿，眼角分泌物多；粪便干燥，偶带肠粘液；尿黄赤，偶有带血。刚产下仔猪体弱，拉黄痢，脱水，吮乳无力，死亡率高；怀孕母猪除皮肤潮红、体温升高、呼吸快、鼻腔分泌物增加外，主要表现后期流产严重，产死胎、产弱仔；有的仔猪出现神经症状，盲目冲撞、转圈。
后备母猪出现鼻涕样排出物，无臭味。母猪返情率偏高，胎盘上会出现白斑或绿豆大小出血斑。母猪在分娩后3~5天会出现恶露增加的现象，在恶露中夹杂有较多的鼻涕样分泌物。治疗以隔离病猪，深埋感染猪以及抗生素对症处理。