很多肺炎支原体感染是亚临床性的。肺炎支原体感染会使料肉比增高、日增重下降并且使猪的体重差异变大。临床症状中以干咳最为典型。
感染初期，支原体聚集并粘连在支气管、细支气管以及气管上皮细胞上；有人把这种现象称为表面寄生。在深处的细小微支气管和肺泡处，几乎找不到支原体。肺炎支原体首先附着在纤毛上皮细胞上，然后逐渐引起感染细胞发生病变、死亡，导致部分纤毛功能受损或脱落；由于肺炎支原体感染引起纤毛变短变少，纤毛正常的摆动功能显著的下降，以致无法排除肺泡分泌液、空气源性的微细粉尘和各种致病原，为继发性感染大开方便之门。