目前没有特效药来治疗仔猪病毒性腹泻，预防措施主要是使用传染性胃肠炎疫苗进行预防注射，平时应做好卫生消毒工作，并控制好局部环境温度。对腹泻仔猪进行腹腔补液也是一种有效的治疗手段。
仔猪病毒性腹泻的治疗可以使用安幼宝，每天2次，每次3~4ml，连用3天即可。在灌服安幼宝时，应确保仔猪空腹，以提高效果，如果仔猪吐出则应重新灌服。
市场上治疗猪病毒性腹泻的药物中，肠毒痢克效果显著。肠毒痢克一套（一支液体，一支粉）可以治疗200斤体重，每天一次，连用2天。对于腹泻严重的猪，可以口服鞣酸蛋白酵母粉来修复肠粘膜，治愈率高达90%。肠毒痢克是猪同源精制免疫球蛋白和生物肽类冻干粉的结合，是专门针对病毒性腹泻的特效产品。