母猪自然交配与人工授精各有特点：
初配与二胎母猪配种时间把握不准时，自然交配受胎率较高；掌握配种时机准确、技术熟练的情况下，人工授精效果更好。
自然交配易造成疫病传染，且种公猪利用率低；而熟练运用人工授精技术能提高公猪利用率，同时减少接触性疫病传播。
人工授精的优点是减少病毒传播风险，保持品种纯度；缺点是操作技术要求较高。自然交配的优点是受胎率较好，但存在交叉感染和疾病传播的隐患，且成本较高。
从种猪利用效率来看，人工授精更科学，能高效利用优质公猪，提升受胎率，并有利于品种改良，而自然配种在规模化养殖中的适用范围有限。
综合考虑，两种方式需结合实际配种技术水平、疫病防控及经济效益灵活选择。