羊感染衣原体后有不同的临床表现，常见的病型包括：
流产型
又称羊地方流行性流产，潜伏期50-90天。主要表现为怀孕后期（尤其是最后一个月）流产、死产或产下弱羔。分娩后，病羊可排出子宫分泌物数天，胎衣滞留。部分母羊继发子宫内膜炎而死亡，但流产过的母羊通常不会再次流产。
关节炎型
多见于羔羊，表现为多发性关节炎。病羊体温升高至41-42℃，食欲废绝，行动迟缓，关节（尤其腕关节和跗关节）肿胀、疼痛，出现跛行。随病情发展，可能出现肌肉僵硬、弓背、俯卧等症状，体重下降，消瘦，生长发育停滞。部分病羊伴发结膜炎。
结膜炎型
主要发生在绵羊，尤其是哺乳羔羊和育肥羔羊。病羊单眼或双眼感染，表现为结膜充血、水肿、大量流泪，随后角膜混浊、出现血管翳，严重者角膜糜烂、溃疡甚至穿孔。部分羔羊可能同时伴有关节炎。
其他表现
有些病羊可能出现脑炎、睾丸炎（种公羊）或肠炎（主要表现为水样或血样腹泻）。新生羔羊可能表现为虚弱、站立困难、发热，甚至出现败血症而死亡。在羊群首次爆发时，可能导致20%-60%的怀孕母羊流产。