牛群发病率1%-20%，病死率约10%。临床上可分为三期。病初体温升高至40℃以上，持续2-5d。病畜畏光，喜阴暗。被毛无光，腹下、四肢有时全身发生水肿。步伐僵硬。呼吸、脉搏增数。反刍减少或停止，偶见下痢。孕牛可发生流产。颈浅和髂下淋巴结肿大。流泪，角膜浑浊，巩膜充血，其上可见针尖大灰白色虫体包囊。鼻粘膜潮红，也有许多包囊。流浆液性、化脓性或血脓性鼻液。如咽喉受害则有咳嗽。此期约经5-10d。
被毛脱落，皮肤增厚、龟裂，流出混血的浆液。病畜长期卧地，发生褥疮。前期水肿消退，肘、颈、肩部发生硬痂。此期约半月至1月。
羊贝诺孢子虫病的临床症状有:体温升高至40℃，喜阴暗地，被毛无光，全身浮肿，步伐僵硬不稳。食欲不振或废绝，反刍减少或停止等。