病程呈慢性经过，表现为进行性消瘦，咳嗽、呼吸困难，体温一般正常。因病菌毒力、机体抵抗力和受害器官不同，症状表现各异。
在牛中本菌多侵害肺、乳房、肠和淋巴结等。肺结核时病牛呈进行性消瘦，病初有短促干咳，渐变为湿性咳嗽；乳房结核则乳量渐少或停乳，乳汁稀薄，有时混有脓块，乳房淋巴结硬肿但无热痛；肠结核多见于犊牛，以便秘与下痢交替出现或顽固性下痢为特征。
淋巴结核不是一个独立病型，各种结核病的附近淋巴结都可能发生病变，常见于下颌、咽颈及腹股沟等淋巴结。当中枢神经系统受侵害时，在脑和脑膜等可发生粟粒状或干酪样结核，常引起神经症状如癫痫样发作、运动障碍等。