三元杂交母猪作为种用，其后代的性状分离较大，产品的一致性较差，不符合现代商品生产对规格一致的要求。因此，生产中不提倡使用三元杂交母猪作为种用。
三元比二元杂交程度高，遗传基础更丰富，杂种优势更明显。父母代中，二元杂交母猪在繁殖性能如产仔数、泌乳力等方面具有一代杂种优势，可以作为母本使用。例如约克夏与长白猪杂交的一代母猪作母本，再与杜洛克公猪杂交可生产三元商品猪。
与二元杂交相比，三元杂交需要维持三个纯种亲本和一代杂种母猪，繁育体系更复杂。农户杂交繁育的仔猪亲本纯度难以保证，因此三元杂交猪不宜留作母猪。此外，三元杂交猪产仔少、母性差，可能存在咬人、哺乳困难等问题。
三元的生长性能虽好，但纯种特性不明显，留作种用后代相当于四元，杂交优势可能消失或减弱。因此，综合考虑性状分离、繁育体系复杂度和杂种优势等因素，不推荐将三元杂交猪留作种用。