综合利用鸡粪，可以大大改善鸡场的卫生环境，消除蚊、蝇、臭气，减少疾病的传播，并能充分利用这个资源作饲料、肥料等，使鸡粪变废为宝，产生较好的社会效益、生态效益和经济效益。凡是养鸡地区都可以因地制宜，选择若干种方法实施。
堆肥发酵法。通过堆肥发酵后的鸡粪，是葡萄、西瓜、果树和蔬菜的好肥料。选择在通风好、地势高的地方，最好远离居住区及鸡舍500米以上的下风向，将清理出的带垫料鸡粪堆积成堆，外面用泥浆封闭。
鸡粪是一种比较优质的有机肥，其含纯氮、磷（P2O5）、钾（K2O）约为1.63%、1.54%、0.85%。鸡粪在施用前必须经过充分的腐熟，将存在鸡粪中的寄生虫及其卵，以及传染性的一些病菌通过在腐熟的过程得到灭活。
由于鸡粪在腐熟的过程中产生高温，容易造成氮素损失。因此，在腐熟前要适量加水，以及加入5%的过磷酸钙，肥效会更好。腐熟的方法可将鸡粪投入粪池泡沤，也可以进行表面封土堆沤。鸡粪经充分腐熟后成为种植作物的优质基肥，或在种植果树中常作为冬季施下全年利用的基肥。鸡粪通过发酵还能制成饲料或高质量有机肥。