长期用抗生素预防感染，可使羊体处于一种依赖抗生素的状态，从而不能主动调动免疫系统与病原微生物作斗争。久而久之，免疫系统就会因得不到刺激和锻炼而丧失免疫功能。一旦病原入侵就无法对付。
首先会引发细菌耐药性，长期低剂量使用饲用抗生素，会增加细菌的耐药性，可能加速超级细菌的产生。其次，有些抗生素会被吸收入体，残留在肉或奶中，被人摄入，会直接损害人类健康。其三，药物以原形或排泄物的形式排放到环境中，会污染水源和土壤，培养环境耐药菌。
有些抗生素对内脏有损害。如四环素、红霉素、灰黄霉素等对肝脏有毒性作用。肝脏受损会间接削弱机体免疫功能。氯霉素可致白细胞减少甚至再生障碍性贫血，使免疫活性细胞减少。还有些抗生素如链霉素、氯霉素、红霉素、头孢唑啉和多黏菌素B能直接抑制免疫功能。
此外，滥用抗生素会减少体内有益菌群如肠道双歧杆菌，导致局部保护作用减弱或丧失。抗生素残留还会影响食品安全和生态环境。