临床上本病呈现二型：急性型与慢性型。急性型通常发生於更新种猪及肥育猪。临床症状呈血红至暗红色下痢便，猪只厌食、虚弱、沉郁及突发死亡，死亡率可达到5~6%。慢性型回肠炎一般发生於20至50公斤体重的生长猪，呈现轻微、非特异性下痢，猪只常厌食及沉郁，感染猪生长发育受阻并形成石头猪。急性型及慢性型回肠炎两者病变出现在回肠、盲肠及近端结肠，肉眼可见由急性出血性到增生性及坏死性等不同的病变。典型的肉眼病变特性是小肠及大肠粘膜增厚。
猪回肠炎的症状及诊断：猪回肠炎的潜伏期为2周~3周，根据临床表现可分为三种类型。急性型：较为少见，多发于4月龄~12月龄的成年猪，主要表现为血色水样下痢；病程稍长时，排沥青样黑色粪便或血样粪便并突然死亡；后期转为黄色稀粪。慢性型：更常见的，主要是在六至12周，生长猪，10%到15%的猪的临床症状，主要表现为食欲不振或废必须，猪的抑郁症或嗜睡；出现间歇性腹泻，大便变软，薄，糊状或水样，黑暗，有时混有血液或坏死组织碎片重量损失；猪，粗糙的毛发，拱弯下腰，有些站不稳，生长发育不良；病程持续时间可能会出现皮肤苍白；如果没有继发感染，在某些情况下，四～六周恢复。亚临床型：猪体虽然病原猪的存在，但没有明显的临床症状，还可能出现轻度腹泻，但没有引起注意；生长率和饲料效率显著下降。