引起流产病原微生物的种类不同，可分为病毒性传染病和细菌性传染病，常见的有口蹄疫、布鲁氏菌病、衣原体病、寄生虫病等。母猪流产的原因包括应激反应、生长环境和疾病。母羊流产的原因主要分为传染性流产和非传染性流产两大类。
传染性流产主要有布氏杆菌病、沙门氏菌病、焦虫病等。其中，布氏杆菌病较常见，主要症状为流产，多发生在妊娠后3～4个月的母羊。该病在羊群中初次发生时流产率很高，无季节性，但以产羔季节较常见。该菌存在于流产胎儿、胎衣、羊水、流产母羊的阴道分泌物及公羊的精液内，多经接触流产时的排出物及乳汁或交配而传播。
非传染性流产包括自发性流产和症状性流产。自发性流产的原因包括近亲繁殖、胎盘坏死、子宫炎症等。症状性流产的原因包括饲料发霉变质、饲料有毒、饲料中营养不平衡、踢打摔碰、惊吓等环境突变的情况，注射了不利于保胎的药物和一些疫苗等。当怀孕母羊患有肝、肾、肺、胃、生殖器官等疾病时，如瘤胃鼓气、疝痛、阴道炎、子宫内膜炎、盆腔肿瘤等易发生流产。遗传因素、生殖激素失调和代谢性疾病，如染色体异常、精卵结合异常、精液活性低、孕激素分泌不足、甲状腺功能降低、妊娠毒血症等也可诱发流产。子宫环境不佳、胎儿生理异常、近亲繁殖、配种时间错误等也可直接、间接诱发流产，如子宫畸形、子宫空间不够、胚胎过多、胎膜及胎盘异常、胚胎发育停滞、胎盘出血、脐带捻转等。