生猪水肿病通常采用抗菌药物治疗，通过口服盐类泻剂和补充硒元素来抑制或排除肠道内的细菌及其代谢产物。治疗方法包括使用环丙沙星，可以肌肉注射，每千克体重5~10毫克，每日两次，或者口服，每千克体重2.5毫克。也可以使用磺胺嘧啶钠注射液进行肌肉注射，每千克体重50~100毫克，每天两次，首次剂量加倍。同时，配合使用硫酸镁、硫酸钠等盐类泻剂，口服补液盐，以及肌肉注射1~2毫克的亚硒酸钠来补充硒元素。在治疗过程中，每10斤体重的病猪可肌注1毫升美诺100（恩诺沙星），每天一次；每公斤体重的病猪可肌注0.1毫克庆大霉素，每天两次。